Оплатили по старому.

А если мы, не зная закона, уже отправили платёж по старым правилам, то есть одним разом, какие меры можно предпринять, чтобы избежать проблем с налоговой?

Уточните, пожалуйста, вы имеете в виду уплату НДС, для которой с 15 октября Федеральным законом № 174-ФЗ установлена 3-хмесячная рассрочка? Ваша платежка датирована 15 или 16 октября или вы уплатили налог за 3 квартал еще раньше?

Если вы уплатили НДС за 3 квартал 2008 года полной суммой до 14 октября 2008 года (даты вступления в силу Федерального закона от 13.10.2008 № 172-ФЗ "О внесении изменения в статью 174 части второй Налогового кодекса РФ"), вы поступили совершенно правильно, в соответствии с действующий на тот момент редакцией статьи 174 «Порядок и сроки уплаты налога в бюджет» НК РФ.<br>Если же платеж НДС за 3 квартал 2008 года в полной сумме совершен 14 октября либо позднее, то следует иметь в виду, что Главой 16 «Виды налоговых правонарушений и ответственность за их совершение» части первой НК РФ ответственность за нарушение порядка уплаты налога, не влекущего за собой  неуплату (неполную уплату) сумм налога, не установлена. И до внесения соответствующих изменений в законодательство опасаться санкций не стоит.<br>В то же время, теоретически доли начисленной за 3 квартал суммы НДС, в соответствии со статьей 174 НК РФ (в ред. Закона № 172-ФЗ) подлежащие уплате по срокам до 20 ноября, 20 декабря, могут быть расценены работниками налоговых органов как суммы переплаты по налогу. Однако следует помнить, что  налоговым органом «излишне уплаченная сумма рассчитывается программными средствами по каждому КБК на основании баз данных деклараций, баз данных налоговых проверок, базы данных ввода расчетных документов и баз данных по зачетам и возвратам» (п. 3.1.1. приказа ФНС России от 15.09.2005 г. № САЭ-3-19/446@ «О создании информационного ресурса результатов работы по зачетам и возвратам» (далее – Приказ)). А изменение сроков уплаты НДС в соответствии с Законом № 172-ФЗ с большой долей вероятности потребует изменений в программе обработки баз данных. Не исключено, конечно, что указанные изменения в ПО налоговых органов будут внесены до 28 октября 2008 года, когда ответственными специалистами ИФНС устанавливаются факты переплаты по налогам (п. 3.1.1. Приказа).  <br>Зачет суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей налогоплательщика по этому или иным налогам осуществляется на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа (п. 4 ст. 78 НК РФ).<br>Но, несмотря на изложенное выше, с разъяснениями по данному вопросу Вам лучше обратиться непосредственно в налоговый орган. Учитывая, что никакие санкции за переплату НДС не грозят, вряд ли общение с налоговиками доставит вам неприятности:))  <br>

Огромное спасибо за такой полный ответ!

Предположение оказалось верным - уплата НДС за 3 квартал в полной сумме влечет за собой признание переплаты по 2 и 3 срокам уплаты. С подробными разъяснениями ФНС по применению нового порядка уплаты НДС можно ознакомиться здесь http://www.buh.ru/newsDescr-4087.