Уточненка НДС

Добрый день, уважаемые форумчане.
Подскажите, пожалуйста, советом:
Пришло требование из налоговой по НДС.  Требуют пояснений.
Еще в 3 квартале 2015 года было два поступления  от одного и того же поставщика на одинаковые суммы, но разными датами. Бухгалтер по поставщикам ошибочно вбила один и тот же номер счет-фактуры в оба поступления. Торгуем и в розницу, и в Опт.  Первоначально товар приходуется на розницу, и перемещается на опт непостредственно под конкретные продажи, поэтому НДС предьявляется кусками  почти в каждом квартале. В итоге у меня, начиная с 3 кв 2015 по 3 квартал 2016,  почти в каждом квартале в разделе 8 декларации  две строки по одному и тому же номеру счет-фактуры, но вот даты принятия на учет товаров (столбец 13) в разделе 8 разные.  Получается сумма налога не меняется...  Но у них там в программе "разрывы" с поставщиком (почему они обнаружили их только сейчас? во втором квартале 2017??)  и они будут дальше заваливать  требованиями.
Налоговая требует сдавать уточненки за все периоды - это 5 кварталов. Уж очень не хочется.... открывать период для проверки на 1,5 года почти назад.  Есть ли другие варианты исправить такую ситуацию?

Спасибо большое всем откликнувшимся

Катенкин, Катенкин пишет: Предположим у вас два счета-фактуры: №1 от 15.01.15 на 118000руб (в т.ч. НДС 18000) и №2 от 16.02.15 на 118000руб (в т.ч. НДС 18000). Поставщик отгрузил вам товар и оба счета-фактуры находятся в базе ФНС.
Программа ФНС "стыкует" счета-фактуры по контрольным соотношениям: номер, дата, итоговая сумма.

При продаже данных товаров, вы заявляте вычет постоянно по с-ф №1 от 15.01.15 118000руб на НДС 18000, вместо того, чтобы заявлять вычет НДС по двум счетам-фактурам:

1. с-ф №1 от 15.01.15 итоговая сумма 118000руб, НДС к возмещению 5000,
2. с-ф №1 от 15.01.15 итоговая сумма 118000руб, НДС к возмещению 5000,
3. с-ф №1 от 15.01.15 итоговая сумма 118000руб, НДС к возмещению 5000,
4. с-ф №1 от 15.01.15 итоговая сумма 118000руб, НДС к возмещению 5000 - предел возмещения НДС (18000) по данному счету-фактуре превышен и вам приходит требование.
   

Да, будут и дальше заваливать требованиями.

Катенкин, какая у вас система налогообложения? Почему НДС не заявлен к вычету при оприходовании товара?

Х_Светлана, спасибо, что откликнулись. Да, именно так. Нельзя ли внести исправления в предыдущие периоды (исправить этот номер счет-фактуры)  не сдавая уточненки за каждый из этих периодов? Может как-то доп.листами к текущей декларации? я просто никогда не оформляла доп.листы. - не  знаю как они работают.  Может поможет письменное объяснение в налоговую? или вариантов нет, кроме как сдавать уточненки?    

Х_Светлана,  совмещение ОСНО и ЕНВД.  Приходуем на розницу, НДС не предъявляем сразу. Так как основная часть продается именно в розницу. На опт перемещаем только по необходимости при продаже юр.лицам.  Поэтому НДС восстанавливается и предъявляется частями.

Катенкин, на требование ФНС Вам нужно представить формализованные пояснения https://buh.ru/articles/documents/54532/